Sun Home

Исследование генетической изменчивости у Origanum vulgare ssp. vulgare методом главных компонент

Studiul variabilității genetice la Origanum vulgare ssp. vulgare prin analiza componentelor principale

Genetic variability of Origanum vulgare ssp. vulgare by principal component analysis

Авторы:

PORT ANGELA, MUTU (CALMÎŞ) ANA, CIOCÎRLAN NINA, DUCA MARIA

Резюме:

Articolul prezintă rezultatele studiului eterogenității moleculare la nivelul secvențelor microsatelit și a relațiilor genetice dintre 10 subpopulații de Origanum vulgare ssp. vulgare din flora spontană autohtonă a Republicii Moldova și din colecția de plante medicinale a Grădinii Botanice Naționale (Institut) „Alexandru Ciubotaru” prin aplicarea analizei componentelor principale (ACP). Modelul ipotetic generat de ACP, pe baza matricei de covarianță a frecvenței alelelor, a extras cinci componente principale, care explică 86% din varianţa totală a datelor primare (82 alele). A fost pus în evidență patternul asocierilor dintre variantele alelice ale locilor identificați cu 11 primeri SSR în baza coeficientului de corelație și cel al subpopulațiilor în funcție de asemănările genetice și arealul geografic. Au fost identificate alelele cu cea mai mare contribuție în diferențierea subpopulațiilor de Origanum vulgare ssp. vulgare indigene și din culturi experimentale. Articolul subliniază utilitatea aplicării principiului ACP, complementar modelelor statistice care însoțesc analizele de genetică populațională și alte investigații cu privire la diversificarea și conservarea resurselor vegetale de interes științific și economic.

The article presents the data on molecular variability of microsatellite sequences and genetic relations between 10 subpopulations of Origanum vulgare from the spontaneous flora of Republic of Moldova and from the medicinal plants collection of National Botanical Garden (Institute) “Alexandru Ciubotaru” by principal component analysis (PCA). The hypothetical model generated by PCA based on the covariance matrix of allele frequency has extracted five principal components, which account for 86% of the total variation of primary data (82 alleles). The pattern of associations between the allelic variants of the subpopulations identified with 11 SSR primers based on the correlation coefficient and according to the genetic similarities and the geographical area was emphasized. The alleles with the largest contribution to the identification of subpopulations of indigenous Origanum vulgare and from the experimental collections were identified. The article highlights the usefulness of the application of the PCA, complementary to the statistical models used for population genetic analysis and other investigations on the diversification and conservation of plant resources of scientific and economic interest.

В статье представлены результаты исследования молекулярной изменчивости в микросателлитных последовательностях и генетических соотношении между 10 субпопуляциями Origanum vulgare из спонтанной флоры Республики Молдовы и колекции лекарственных растений Национального Ботанического Сада (Институт) „Alexandru Ciubotaru” путем применения анализа главных компонент (РСА - Principal Component Analysis). Гипотетическая модель, построенная на основании ковариационной матрицы частоты аллелей, экстрагировала пять основных компонентов, которые объясняют 86% общей дисперсии в первичных данных (82 аллелей). Были установлены структура ассоциации между аллельными вариантами, выявленными с 11 SSR праймерами на основе коэффициента корреляции и между субпопуляциями в зависимости от их генетического сходства и происхожденья.  Были определены аллели с наибольшим вкладом в идентификацию субпопуляций Origanum vulgare из спонтанной флоры и экспериментальных культур. В статье подчеркивается возможность использования метода PCA, дополнительно к статистическим моделям, для генетического анализа популяций, и других исследованиях по сохранению разнообразия растительных ресурсов, представляющих научный и экономический интерес.  Библ. – 17, рис. - 7, табл. - 3.


Cuvinte-cheie:

Origanum vulgare ssp. vulgare, genotipare SSR, variabilitate genetică, analiza componentelor principale., Origanum vulgare ssp. vulgare, SSR genotyping, genetic variability, principal component analysis., Origanum vulgare ssp. vulgare, генотипирование SSR, генетическая изменчивость, метод главных компонент

Сферы:

Biologie

Номер:

3 (336)

Год:

2018

Скачать

Download PDF (2.14 MB)

Текущие издание

journal